利用TBTools分析并可视化基因结构域

基因的保守结构域分析是做基因功能验证所必须的分析。通常分析结构域用到的数据库有pfam、NCBI CDD和SMART。本文记录一下通过TBTools一键分析基因结构域并利用工具可视化的具体步骤。

本文所用到的数据库是SMART，在TBTools的对应工具为Batch SMART 。Batch SMART 事实上是一个模拟网页提交的脚本/爬虫，自动在网站提交序列从而得到结果，很大程度上依赖于网速。下面介绍方法：

1.准备文档

需要整合基因的氨基酸序列（.fasta或.txt）、蛋白的长度。

蛋白长度文件，需要是.txt文件，不能有空格

2.下载插件

若第一次使用，则需要在插件商店Plugin Store下载插件使用

进入插件商店

找到对应插件点击安装

3.上传序列进行结构域分析

上传氨基酸序列并设置输出目录，通常为.xls文件。随后运行start即可。（需耐心等待，时间较长）

上传氨基酸序列

4.可视化结果

本来这个插件可以一键可视化的，但最近使用总是分析后报错，弹黑框。所以使用常规方法进行可视化。首先打开Basic Biosequence View工具。上传蛋白长度文档，上传上一步得到的结果，如图所示。

可视化

可视化

5.得到结果

结果