RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建

您是不是想找：镜像图片怎么翻转过来镜像翻转怎么弄镜像是什么意思镜像投屏镜像前置镜头有什么用镜像网站镜像是别人看到的自己吗镜像综合征镜像效应镜像神经元

RNA-seq入门实战整体分析流程

前言：
进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础，推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢基础：
【生信技能树】生信人应该这样学linux(更新至第14集)_哔哩哔哩_bilibili
【生信技能树】生信人应该这样学R语言_哔哩哔哩_bilibili

本节概览：

Linux下RNA-seq环境创建:
Ubuntu子系统下载安装、Mniconda3与上游分析软件下载
R下RNA-seq环境创建
R与Rstudio下载安装、Bioconductor与R包下载

1. Linux环境设置

1.1 Linux系统的创建——Ubuntu

运行Linux系统一般使用服务器或者个人电脑的虚拟机（Virtualbox、VMware）和子系统，下面简单介绍Windows子系统的安装配置，
详细说明请参阅Windows子系统WSL的体验与配置——Ubuntu-22.04

Ubuntu子系统的下载安装
首先在win10中搜索“ 启用或关闭Windows功能 ”，进入该程序，勾选“适用于Linux的Windows子系统”；之后去微软商店搜索Ubuntu下载安装，一般安装默认版本或者最新的22.04LTS

用户权限设置
设置好用户名和密码进入Ubuntu后，需要设置一下用户权限
启用root需要设置密码：sudo passwd root
添加用户至root组： usermod -aG sudo username
切换root用户：su
退出root：exit

软件镜像源设置
一般选择国内的清华镜像，ubuntu | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror，Ubuntu 的软件源配置文件是 /etc/apt/sources.list。将系统自带的该文件做个备份，再编辑（* 注意要先切换为root用户*才能编辑该文件）

su
cd /etc/apt/
cp sources.list sources.list.bak
vim sources.list

Ubuntu版本 22.04 LTS的设置（注意要找到对应的Ubuntu版本设置）如下：

# 默认注释了源码镜像以提高 apt update 速度，如有需要可自行取消注释
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-updates main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-updates main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-backports main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-backports main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-security main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-security main restricted universe multiverse
# 预发布软件源，不建议启用
# deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-proposed main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-proposed main restricted universe multiverse

更新一下所有软件

sudo  apt update       #更新可用软件包列表
sudo  apt upgrade      #更新已安装的包

1.2 Mniconda3下载安装

一般使用Mniconda3软件进行创建分析环境和管理软件，下面简单介绍Mniconda3的安装，其详细使用说明请参阅Miniconda3的安装、配置和使用

下载与安装
切换到安装位置（一般为主目录~），下载最新的miniconda3，bash启动安装，一直enter、yes就可以了。

wget https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash  Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh

设置conda软件镜像源
依次输入以下命令设置软件镜像源，并展示镜像源地址，这里设置了中科大镜像：

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config  --set show_channel_urls yes

创建分析环境
创建rna流程环境rna_p3，指定python版本为3，同时下载sra-tools 软件，之后每次要运行rna流程都要进入该环境

conda create -n rna_p3 python=3 sra-tools               
conda env list                                         #查看环境
conda activate rna_p3                                  #进入conda 环境
conda deactivate                                    #退出当前conda环境

上游分析软件下载
本次RNA-seq流程涉及软件如下所示，使用conda install -y 软件名=版本号依次进行下载即可，可同时下载多个软件，但不建议同时下载太多，容易报错

质控清洗：fastqc multiqc trim-galore
比对计数： hisat2 subread samtools=1.6 salmon

2. R环境设置

注意，安装使用R首先需要你的电脑用户名不能含有中文，否则后期运行程序会很容易报错，如果用户名含有中文请进行更改（很难。。。）或新建一个用户；
Rstudio是R的编译器，能提升用户交互体验，安装Rstudio前一定要先安装R

2.1 R与Rstudio下载安装

先在清华镜像源下载 R，地址：The Comprehensive R Archive Network (tsinghua.edu.cn)，
依次进入：Download R for Windows——base——Previous releases；
一般选择下载R 4.1.3，使用最新版可能会有不适配的问题，使用默认选项一直确定安装即可

安装好 R后之后，再去Rstudio官网下载Rstudio，地址：Download the RStudio IDE - RStudio

Rstudio中设置清华镜像源
依次进入：Tools——Global Options——Pakages——Change；选择镜像源

2.2 Bioconductor与R包下载

新建一个Rscript，运行以下内容，下载Bioconductor和本次实战所需所有R包等，代码修改自jimmy老师

###Bioconductor 下载
install.packages("BiocManager") 

###设置好清华镜像
rm(list = ls())   
options()$repos 
options()$BioC_mirror
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

###安装需要的包
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","msigdbr","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","org.Mm.eg.db"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("DESeq2","edgeR" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install("enrichplot",ask = F,update = F)
BiocManager::install("devtools",ask = F,update = F)
BiocManager::install("WGCNA",ask = F,update = F) 
BiocManager::install("data.table",ask = F,update = F)
BiocManager::install("tximport",ask = F,update = F)
BiocManager::install("tidyverse",ask = F,update = F)
BiocManager::install("DOSE",ask = F,update = F)
BiocManager::install("patchwork",ask = F,update = F)
BiocManager::install("RBGL",ask = F,update = F)  #Vennerable依赖包
BiocManager::install("pathview",ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("STRINGdb","ggraph","igraph"),ask = F,update = F)
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") #安装Vennerable包
install.packages("statmod")

#其他一些基础包安装
options()$repos 
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra")) 
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr","ggthemes","ggstatsplot","ggsci","ggsignif")) 
install.packages("rvcheck")
(.packages())  #查看当前加载运行包

#更新所有包
rvcheck::update_all(check_R = F,
                    which = c("CRAN", "BioC", "github"))

永久设置bioconductor镜像

#bioconductor | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror
file.edit('~/.Rprofile')

输入以下内容：

# 清华源的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

以上就是进行RNA-seq流程前的全部准备了，下一步就可以开始进行上游数据下载、格式转化和质控清洗等步骤啦

参考资料
GitHub - jmzeng1314/GEO （强烈推荐学习）
【生信技能树】生信人应该这样安装软件_哔哩哔哩_bilibili
【生信技能树】生信分析入门环境搭建_哔哩哔哩_bilibili

RNA-seq实战系列文章：
RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建
RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗
RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon
RNA-seq入门实战（三）：从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵
RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查
RNA-seq入门实战（五）：差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较
RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略
RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析
RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析
RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络构建（上）——STRING数据库的使用
RNA-seq入门实战（十）：PPI蛋白互作网络构建（下）——Cytoscape软件的使用
RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型